Les principales manifestations de la maladie sont respiratoires et digestives. Au niveau respiratoire, les sécrétions bronchiques (le mucus) sont pauvres en eau, ont tendance à obstruer les petites bronches qui s’infectent.

Au niveau digestif, le pancréas ne fonctionne pas chez la majorité des malades, par obstruction des voies qui amènent les enzymes vers l’intestin. Les voies biliaires, dans le foie, peuvent également être atteintes. La digestion, des graisses en particulier, est de ce fait perturbée, avec une diarrhée chronique.