Lorsque les surveillances clinique et biologique montrent des signes d’alerte, une démarche est initiée pour en détecter la cause : mauvaise utilisation des enzymes ou insuffisance pancréatique rebelle, carences en vitamines, surinfection pulmonaire, diabète, autre problème de santé (maladie cœliaque, maladie de Crohn)… Si la situation ne s’améliore pas, les CNO peuvent être prescrits.